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Terza Stagione di Deep Space Nine Prima Stagione di Voyager
La Defiant viene assegnata a Deep Space Nine.
Viene varata la Voyager.	Future's End - Part I
Harry Kim termina l'Accademia e viene assegnato alla Voyager.
Tom Paris ottiene un permesso temporaneo e viene imbarcato sulla Voyager come ufficiale CONN; la sua qualifica della Flotta Stellare è reintegrata con il grado di tenente.
Impegnata nell'inseguimento di una nave Maquis nelle Badlands presso il confine cardassiano, scompare la Voyager, catapultata da uno sconosciuto fenomeno nel quadrante Delta.	Caretaker	DS 48315
La Federazione e l'Annessione Tholiana si riavvicinano dopo lunghi conflitti, stabilendo relazioni diplomatiche e culminano con la visita di un ambasciatore tholiano su Deep Space Nine.	Life Support	DS 48498
Dopo decenni di occupazione e due anni dopo il ritiro delle forze militari da Bajor, il legato Turrel, rappresentante del governo cardassiano, e Kai Winn, rappresentante di Bajor, firmano un trattato di pace tra le cui clausole è compresa la liberazione di tutti i Bajoriani ancora prigionieri dei Cardassiani.	Life Support
La Voyager entra in contatto con i Sikariani.	Prime Factors	DS 48642.5
Miles O'Brien muore e viene sostituito dal suo omologo proveniente da una timeline alternativa.	Visionary
Worf viene promosso Tenente Comandante.
L'Enterprise viene attaccata attorno a Veridiano III da una nave klingon al comando delle sorelle di Duras, Lursa e B'Etor. Sebbene lo sparviero venga distrutto, causando così la fine della famiglia Duras, i danni riportati dall'Enterprise sono tali da rendere necessario un atterraggio di emergenza della sezione a disco sul pianeta. Durante questi eventi su Veridiano III muore il capitano Kirk.	Generations	DS 48650
Temendo che il Dominio si prepari ad un'invasione su larga scala del quadrante Alfa, i servizi segreti dell'Unione Cardassiana e dell'Impero Stellare Romulano organizzano un'operazione combinata, riunendo una vasta flotta con l'ordine di attaccare e distruggere il pianeta natale dei Fondatori del Dominio, nella Nebulosa Omarion. La flotta combinata viene affrontata e sconfitta da una forza d'assalto di più di 150 navi Jem'Hadar. Dopo questa sconfitta, sia l'Ordine Ossidiano sia la Tal Shiar scompaiono come forze di sicurezza operative, con gravissime ripercussioni sull'ordine interno dei loro imperi. In seguito alla scoperta della posizione del pianeta dei Fondatori, questi scelgono un altro pianeta su cui stabilirsi.	Improbable Cause, The Die is Cast
Un Fondatore, da lungo tempo infiltrato nel quadrante Alfa, si impadronisce della Defiant e si prepara ad attaccare gli Tzenkethi, una razza con cui la Federazione è stata in guerra. Scopo del Fondatore è quello di scatenare una nuova guerra, che indebolisca le forze della Federazione e destabilizzi l'intero quadrante. Benché il piano del Fondatore fallisca, la Federazione ha la prova che è in atto un'operazione su vasta scala per invadere il quadrante Alfa.	The Adversary	DS 48959
Sisko viene promosso Capitano.
Reginald Barclay entra a far parte del gruppo di Lewis Zimmerman per la realizzazione del Medico Olografico di emergenza presso il Centro Oloprogrammi della stazione Jupiter.