Cambiamenti tra la seconda e la terza stagione

Sale a bordo dell'Enterprise il gruppo dei MACO.
Sull'Enterprise viene allestito un centro di comando.
Lasciato l'Alto Comando vulcaniano, T'Pol veste abiti civili e cambia pettinatura.
La sigla iniziale ha un arrangiamento differente.
A partire dal terzo episodio, Extinction, compare la dicitura «-STAR TREK-» prima di «ENTERPRISE».