Nato nel 2355 da Benjamin Sisko e Jennifer.

Due anni dopo la battaglia di Worf 359, in cui muore la madre, nel 2369 si trasferisce con il padre su Deep Space Nine.

A bordo di Deep Space Nine fa amicizia con il giovane Nog.

Nel 2370 Jake fa sapere a suo padre che non seguirà le sue orme arruolandosi nella Flotta Stellare, ma decide di assecondare la sua passione per la scrittura.

Nel 2371 viene accettato alla prestigiosa scuola Pennington, sulla Terra, dove ottiene una borsa di studio in narrativa; Jake rimanda l'ammissione per restare sulla stazione col padre.

Nel 2372 incontra Onaya, che lo ispira nello scrivere il suo primo racconto; Onaya si rivela essere una forma di vita incorporea che vive di energia creativa.

Jake sente molto la mancanza della madre Jennifer, ed è felice quando incontra la Jennifer Sisko dell'Universo dello Specchio e non esita a seguirla nel suo universo, senza rendersi conto che si tratta di un piano per costringere il padre a collaborare con la Resistenza Terrestre contro le forze dell'Alleanza.

Jake approva la nuova relazione del padre con Kasidy Yates e dà spesso al padre consigli riguardo al loro rapporto.

Jake si rende conto degli orrori della guerra e di quanto tenue sia la linea di demarcazione tra coraggio e codardia nel 2373, quando si trova con Julian Bashir in un ospedale di emergenza su Ajilon Prime sotto attacco delle forze klingon.

Pochi mesi dopo Jake lascia l'alloggio in cui viveva col padre e diventa compagno di camera di Nog, cadetto della Flotta Stellare, tornato su Deep Space Nine per il tirocinio.

Alla fine dello stesso anno, durante la guerra con il Dominio, diventa corrispondente ufficiale per il servizio informazioni della Federazione. Per raccontare quanto accade su Deep Space Nine, rischia la vita rimanendo sulla stazione quando la Federazione si ritira.