Per almeno due volte le sue azioni influenzano la storia della Voyager nel corso del suo viaggio di ritorno dal quadrante Delta nel XXIV secolo.

In una timeline alternativa nel XXIX secolo la Terra e l'intero sistema solare vengono distrutti da un'esplosione temporale. Nel corso delle indagini sull'incidente, vengono ritrovati resti dello scafo secondario della Voyager. Braxton viene inviato indietro nel tempo con l'obiettivo di distruggere la Voyager, in quanto questa sembra essere l'unica soluzione per prevenire un disastro che, nella sua timeline, è costato la vita a miliardi di individui.

Utilizzando la Aeon, attraversa una fenditura temporale verso il passato per trovarsi nel quadrante Delta nel 2373, proprio di fronte alla Voyager. Nonostante i suoi tentativi di distruggerla, la nave riesce a rispondere al fuoco e a mettere fuori uso l'Aeon. Tuttavia la fenditura temporale si destabilizza ed entrambe le navi si ritrovano sulla Terra: la Aeon nel 1967 e la Voyager nel 1996.

Con la sua nave fuori uso, non riesce nemmeno a mantenere un'orbita stabile intorno alla Terra e precipita nelle montagne di High Sierra. Si salva grazie ad un teletrasporto, ma Henry Starling riesce ad impossessarsi della Aeon prima che Braxton la ritrovi e ne sfrutta la tecnologia per interessi personali.

Braxton trascorre trent'anni sulla Terra vivendo di espedienti. Nel 1996 Janeway e Chakotay rilevano il segnale subspaziale emesso dal suo comunicatore e riescono a rintracciarlo. Grazie al loro aiuto, scopre che non sarà la Voyager a provocare l'esplosione, ma la sua stessa nave, che Starling ha intenzione di utilizzare per viaggiare nel futuro.

Quando la Voyager riesce ad impedire l'incidente una nuova versione di Braxton apre un vortice temporale e raggiunge la Terra nel 1996; questo Braxton non ha mai sperimentato la timeline in cui avrebbe trascorso trent'anni sulla Terra del XX secolo ed è un giovane capitano giunto per riportare la Voyager nella giusta epoca. Non si sa cosa succeda al Braxton rimasto sulla Terra.

Dopo questa missione viene assegnato alla Relativity.

In una delle sue missioni, si trova ad indagare su chi ha collocato un distruttore temporale sulla Voyager che, nella timeline alternativa conseguentemente creatasi, ha distrutto la nave nel 2375. Le indagini portano a scoprire che a collocare l'ordigno sarà un Braxton del futuro mentalmente instabile, per cui Ducane solleva dal comando il suo Capitano e lo arresta preventivamente, in modo tale da impedirgli di commettere il crimine.

Secondo quanto detto da Ducane, i vari Braxton subiranno un'integrazione temporale (lo stesso individuo in più linee temporali viene unito in un'unica persona) per poi subire un processo giudiziario per quanto commesso. In cambio di clemenza, uno dei Braxton fornisce a Janeway un suggerimento chiave che le permette di arrestare se stesso sulla nave nel passato in modo tale da prenderlo in custodia prima che possa installare il distruttore e ristabilire quindi la timeline originaria.